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Discovery Studio 是一款面向生命科學(xué)領(lǐng)域的新一代分子建模和模擬環(huán)境。軟件整合了廣泛的資訊學(xué)、分子模型建造和模擬工具,應(yīng)用于蛋白質(zhì)體、標(biāo)靶藥物開發(fā)過程與研究,為科學(xué)家提供易用的蛋白質(zhì)序列比對、優(yōu)化、結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計(jì)工具。
生物大分子:蛋白/核酸的序列分析、蛋白進(jìn)化分析、蛋白質(zhì)三維結(jié)構(gòu)的預(yù)測與模擬、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)表面電荷分析及pKa值預(yù)測、膜蛋白的結(jié)構(gòu)預(yù)測與模擬、抗體結(jié)構(gòu)的預(yù)測與模擬、蛋白理性設(shè)計(jì)、虛擬氨基酸突變、二硫鍵預(yù)測、虛擬丙氨酸掃描、虛擬飽和突變、蛋白聚集效應(yīng)預(yù)測、抗體的設(shè)計(jì)與優(yōu)化、抗體人源化、抗體親和力成熟、酶的設(shè)計(jì)與優(yōu)化、核酸的設(shè)計(jì)與模擬、蛋白-蛋白(核酸/多肽)相互作用預(yù)測、蛋白-小分子相互作用預(yù)測、X-ray晶體結(jié)構(gòu)解析等;
計(jì)算化學(xué):分子力學(xué)計(jì)算和分子動力學(xué)模擬、拉伸分子動力學(xué)模擬、量子力學(xué)/分子力學(xué)(QM/MM)計(jì)算等;
基于靶標(biāo)結(jié)構(gòu)藥物設(shè)計(jì):基于靶標(biāo)結(jié)構(gòu)的化合物虛擬篩選、全新藥物設(shè)計(jì)、me too/me better藥物設(shè)計(jì)、藥靶作用機(jī)制解釋、分子對接、基于片段的藥物設(shè)計(jì)與改造等;
基于配體藥物設(shè)計(jì)部分:完全基于配體的藥效團(tuán)設(shè)計(jì)、基于配體-受體復(fù)合物的藥效團(tuán)設(shè)計(jì)、化合物數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建和篩選、藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫的構(gòu)建與保存、基于藥效團(tuán)數(shù)據(jù)庫的反向找靶、定量構(gòu)效關(guān)系分析(QSAR/QSPR)、構(gòu)效關(guān)系分析(MMP)、虛擬組合化學(xué)庫的設(shè)計(jì)與分析、類藥性篩選、化合物構(gòu)象搜索和分析、化合物ADMET性質(zhì)預(yù)測等。
使用CHARMm c41b1進(jìn)行分子力學(xué)(MM)計(jì)算
支持廣泛的電源領(lǐng)域,包括CGenFF,charmm36,charmm27,charmm22,CHARMm,CHARMm-polarH,CFF,MMFF等。
完全支持CHARMM分區(qū)機(jī)制并支持自定義無效定義
使用天生的CHARMm溶劑模型(GB)快速準(zhǔn)確地電離蛋白質(zhì)和殘余pKs。
飲用水的快速溶劑,具有適用于非常大分子系統(tǒng)的可選抗離子
根據(jù)國標(biāo)執(zhí)行任何溶劑明確或最小化溶劑基分子力學(xué)(MM)
基于溶劑進(jìn)行明確的溶劑或分子動力學(xué)模擬
為蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)添加隱含膜,以便您可以基于場強(qiáng)制定模擬模型。
使用基于CHARMm的對接引擎CDOCKER來執(zhí)行基于配體的配體結(jié)合和精煉對接。
1、下載并安裝原程序,復(fù)制msi.lic許可證文件到如下路徑中
C:\Program Files (x86)\Accelrys\LicensePack\Licenses\
C:\Program Files (x86)\Accelrys\LicensePack\share\data\
C:\Program Files (x86)\Accelrys\LicensePack\win32\bin\
4、破解完成,打開Web控制端,可以根據(jù)需要安裝應(yīng)用,可安裝的應(yīng)用包括
BIOVIA Draw
Data Source Builder
Discovery Studio
BIOVIA Plugin
比如安裝Discovery Studio,直接點(diǎn)擊Install Discovery Studio,即可下載安裝程序
6、如果需要登陸管理員,輸入賬號密碼登陸即可
賬號和密碼見于壓縮包內(nèi)的Readme.txt
標(biāo)簽: Discovery Studio 分子模型
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