cytoscape軟件是一款功能強大的開源網絡軟件。該軟件用以Tab制表符分隔的文本文檔或Microsoft Excel文件作為輸入，主要可以幫助我們集成，分析和可視化數(shù)據(jù)，比較適合專業(yè)的網絡人員來使用！

【功能特點】

　　公共數(shù)據(jù)庫客戶端

　　Cytoscape是作為一個網絡服務客戶端工作的，這意味著Cytoscape可以直接連接外部公共數(shù)據(jù)庫，導入網絡和注釋數(shù)據(jù)。這意味著Cytoscape可以直接連接到外部公共數(shù)據(jù)庫，并導入網絡和注釋數(shù)據(jù)。目前，我們支持Pathway Commons, IntAct, BioMart和NCBI Entrez Gene。我們還將繼續(xù)為熱門數(shù)據(jù)庫開發(fā)新的服務客戶端。

　　互操作性

　　由于Cytoscape支持導入/導出標準文件格式，你可以很容易地將Cytoscape放入你的工作流程中。例如，如果你有一個由 igraph 或 Bioconductor 生成的網絡數(shù)據(jù)，Cytoscape 可以將該文件以文本表的形式加載，并以 PSI-MI 格式導出，供其他生物信息學工具或你自己的應用程序/腳本使用。

　　從 3.3 版本開始，Cytoscape 支持 RESTful API 的編程訪問。你可以使用你選擇的編程語言來訪問Cytoscape的核心功能，如創(chuàng)建網絡，應用布局，或圖像導出。

　　會話文件

　　你可以通過一鍵保存你的工作。所有的設置、數(shù)據(jù)文件和可視化都打包在一個會話文件中。它被稱為Cytoscape會話（.cys）文件。Cytoscape 會話文件包括網絡、屬性(節(jié)點/邊緣/網絡)、桌面狀態(tài)(選擇/隱藏節(jié)點和邊緣、窗口大小)、屬性、一些插件狀態(tài)和可視化風格。

　　布局

　　在二維空間布局網絡。 有多種布局算法可供選擇，包括循環(huán)、樹形、力導向、邊緣加權和yFiles有機布局。您也可以使用類似于其他圖形應用程序用戶界面的手動布局工具。

【更新日志】

　　更快的渲染速度

　　提高了渲染性能，并優(yōu)化了與大型網絡的交互。Cytoscape現(xiàn)在為多達10,000個節(jié)點和3,000,000條邊的網絡提供了交互式用戶體驗。

　　新的面板選項

　　你的Cytoscape工作空間現(xiàn)在可以通過新的工作空間面板系統(tǒng)來定制你的可用屏幕空間。面板現(xiàn)在可以最小化，設置為浮動，或停靠在工作空間中。

　　自定義工具欄

　　您現(xiàn)在可以選擇項目何時出現(xiàn)在工具欄中，減少雜亂無章的情況，并讓您快速訪問最常用的工具。

　　更新的分析器應用程序

　　網絡分析器的核心應用程序已經重新設計。改進了用戶界面，并增加了對Cytoscape自動化的支持，以便于從腳本和分析工作流中訪問。

　　標簽重新定位工具

　　現(xiàn)在可以在網絡視圖中快速直觀地定位標簽。

　　CyBrowser JavaFX更新

　　CyBrowser，Cytoscape 的網頁瀏覽器，已經更新為使用 JavaFX 13。CyBrowser現(xiàn)在與現(xiàn)代網頁和應用程序有更大的兼容性。